Разрушение пограничной зоны или ее отдельных частей приводит к повреждению эпидермо-дермальной связи и возникновению полостей, клинически характеризующихся субэпидермальными пузырями. В световом микроскопе эти полости выглядят как субэпидермальные, хотя в электронном микроскопе локализуются в различных отделах пограничной зоны и отличаются друг от друга механизмами развития.

Субэпидермальные полости могут иметь чисто эпидермальное происхождение и быть обусловлены цитолизом базальных клеток (эпидермолитические полости при простом буллезном эпидермолизе). Цитолиз базальных клеток может возникать за счет разрушения воспалительным процессом всех компонентов пограничной зоны (красная волчанка, красный плоский лишай, многоформная экссудативная эритема).

При буллезном пемфигоиде полости образуются в зоне lamina lucida пограничной зоны. Причиной этого является аутоиммунный процесс, при котором образуются аутоантитела против специфического антигена на поверхности клеточных мембран базальных клеток с последующим присоединением комплемента и активацией каскада комплемента, миграцией сюда полиморфноядерных лейкоцитов и высвобождением гидролаз. Развитие воспаления и гидродинамическое давление плазмы, выделяющейся из поверхностных кровеносных сосудов, постепенно приводит к отделению базальных клеток от базальной мембраны в зоне повреждения и формированию полостей (юнкциональные полости). Поскольку базальная мембрана фактически является частью эпидермиса, пузыри при буллезном пемфигоиде на самом деле обусловлены интраэпидермальным процессом, так как их дном является базальная мембрана.

При герпесе беременных и рубцующем пемфигоиде механизм образования полостей аналогичен таковому при буллезном пемфигоиде, но при рубцующем пемфигоиде происходит разрушение lamina densa. Юнкциональные полости служат основой формирования пузырей при юнкциональном буллезном эпидермолизе, но причиной их являются не иммунологические механизмы.

Истинные субэпидермальные пузыри возникают при патологических процессах, при которых полости развиваются под базальной мембраной (дермолитические полости). Уменьшение прикрепляющих фибрилл и усиление продукции коллагеназы ведет к дермолитическому разделению эпидермиса и дермы при рецессивном буллезном эпидермолизе; появление аутоантител против специфического антигена, располагающегося под базальной мембраной, вызывает появление дермолитических полостей при приобретенном буллезном эпидермолизе.

Другие иммунологически обусловленные дермолитические полости развиваются при герпетиформном дерматите. Причиной возникновения дермолитических полостей при поздней кожной порфирии являются физические и химические факторы.